Az európai integráció előrehaladtával az emberi jogok kérdése is egyre hangsúlyosabban jelent meg közösségi szinten. A legjelentősebb dokumentum, amely az alapvető jogokat tartalmazza az Unióban, az Alapvető Jogok Chartája. 1999-ben a kölni csúcson merült fel annak az igénye, hogy egy átfogó, az emberi jogok katalógusát tartalmazó dokumentumot állítsanak össze, amelyet 2000-ben Nizzában el is fogadtak, mint politikai deklarációt. 2007-ben került elfogadásra az Alapjogi Charta végleges szövege, amelyet 2009-ben a Lisszaboni Szerződés emelt kötelező erőre.
Jelenleg az Unió Alapvető Jogok Chartája mellett a Lisszaboni Szerződésben találhatók rendelkezések az emberi jogok védelmére, mint az EU egyik alapvető értékére vonatkozóan. Annyira hangsúlyosnak tartja az Európai Unió ezen jogok érvényesítést, hogy egy tagállam szavazati joga is felfüggeszthető a Tanácsban, ha súlyosan megsérti az emberi jogokat (LSZ 7.cikk).
Általánosságban elmondható, hogy az EU külügyi tevékenységében nagy hangsúlyt kap az emberi jogok és a demokratikus kormányzás érvényesítése. A különböző két- és többoldalú szerződésekben is megtalálhatók emberi jogokra és alapvető szabadságokra utaló klauzulák. Emellett az Unióhoz csatlakozni kívánó országoknak is meg kell felelniük az ún. koppenhágai kritériumoknak.
Az Európai Unió intézményei saját kompetenciájukon belül foglalkoznak az emberi jogokat érintő kérdésekkel. Az Európai Parlamentben 2004 óta a Külügyi Bizottság keretein belül külön Emberi Jogi Albizottság működik. Ezen kívül a Parlament több mint egy évtizede éves jelentéseket bocsájt ki a nyilvánosság számára a világ országainak emberi jogi helyzetéről, amelyek lehetőséget biztosítanak arra, hogy az Unió nyomást tudjon gyakorolni az alapvető jogok gyakorlását korlátozó államokra.
Az Európai Unió Tanácsának Általános Ügyek Tanácsa, valamint Külügyi Tanácsa érinti az emberi jogi kérdéseket. 1998 óta 7 emberi jogi irányelv (halálbüntetés, kínzás és más kegyetlen, embertelen vagy megalázó büntetések vagy bánásmód, emberi jogi párbeszédek, gyermekek jogai a fegyveres konfliktusokban, emberi jogvédők, gyermekek jogainak előmozdítása és védelme, nők elleni erőszak, valamint a nőkkel szembeni megkülönböztetés valamennyi formája elleni küzdelem) került elfogadásra, amelyek ösztönzik az általuk szabályozott területeken az emberi jogok hatékonyabb védelmét, az egyes érintett országok aktívabb fellépését.
Az Európai Bizottság szintén a különböző szakpolitikai területekhez kapcsolódóan foglalkozik az alapvető jogokkal. A kül- és biztonságpolitikai főképviselő felügyelete alá tartozó Európai Külügyi Szolgálat tevékenységében jelenik meg leghangsúlyosabban az emberi jogi politikája az Uniónak. Az EU emberi jogokért felelős különleges képviselőjének feladata, hogy hatékonyabbá tegye az EU emberi jogi politikáját, valamint ráirányítsa a figyelmet az ennek keretében végzett munkára és az Európai Unió eredményeire.
Az Európai Unió Alapjogi Ügynöksége kifejezetten az emberi jogok védelmét szolgáló intézmény. Szakmai tanácsokkal látja el az EU szerveit és a tagállamokat, kutatásokat végez, valamint az uniós polgárok figyelmének felhívására is nagy hangsúlyt fektet az alapvető jogok kérdését illetően. Az Ügynökség koordinálja továbbá az Európai Rasszizmus és Xenofóbia Monitoring Központ tevékenységét.
Az Európai Adatvédelmi Biztos feladata elsősorban az EU intézményeinek felügyelete az adatvédelmi szabályok betartása tekintetében. Ezen kívül párbeszédet folytat a nemzeti adatvédelmi intézményekkel, konzultál a Bizottsággal, a Parlamenttel és a Tanáccsal az uniós jogszabályok előkészítése során.
Az Europol (Európai Rendőrségi Hivatal) rendszerének keretében gördülékenyebben működik a határokon átnyúló bűncselekmények üldözése, amely elősegíti a szabadság, a biztonság és a jog érvényesülését. Elsődleges eszköze az információcsere a tagállamok között, valamint egy széleskörű adatbázis építése, de lehetőséget nyújt a jó gyakorlatok megosztására és az újabb, hatékonyabb nyomozási technikák megismertetésére.
Az Eurojust (Európai Igazságügyi Együttműködési Egység) feladata a nemzeti nyomozó hatóságok és ügyészségek hatékonyságának növelése a határokon átívelő, súlyos és szervezett bűncselekmények ügyeiben, és végső soron annak előmozdítása, hogy a bűncselekményt elkövetők felelősségre vonása gyorsan és eredményesen megtörténjen.
