Az Európa Tanács szerteágazó tevékenységi köréből külön figyelmet érdemel az emberi jogok védelme. A szervezet egyik legjelentősebb vívmánya az Emberi Jogok Európai Egyezménye. Az egyezmény magában foglalja az élethez való jogot, a szabadsághoz és személyi biztonsághoz való jogot, a tisztességes tárgyaláshoz való jogot, a magán- és családi élet, valamint a levelezés tiszteletben tartását, a véleménynyilvánítás szabadságát, illetve a békés gyülekezés és egyesülés jogát.
Az egyezmény arra kötelezi az államokat, hogy a benne meghatározott jogokat és szabadságokat biztosítsák a joghatóságuk alatt élő egyének számára.
Amennyiben valaki úgy gondolja, hogy személyesen és közvetlenül áldozata lett az Egyezményben foglalt jogok és jogi garanciák megsértésének, kérelemmel fordulhat a strasbourgi székhelyű Emberi Jogok Európai Bíróságához. A bíróság a kérelmek vizsgálatát a beterjesztéstől kezdődően folytatja le, végül a tagállamok számára kötelező ítéletet hoz. Kérelem csak olyan állam ellen nyújtható be, amelyre nézve az Egyezmény kötelező, azaz részese annak.
Az Európa Tanács a szociális és gazdasági jogok védelmét az Európai Szociális Chartával biztosítja. A dokumentumban a lakásügy, egészségügy, oktatásügy, foglalkoztatás, jogi és szociális védelem, személyek mozgása, valamint a hátrányos megkülönböztetéstől való mentesség szerepelnek. A szociális jogok védelmének hatékonyabb biztosítása érdekében megnyitották aláírásra az Átdolgozott Európai Szociális Chartát. A módosítások célja a már biztosított jogok tiszteletben tartásának tökéletesítése, és bizonyos új jogok védelme.
A Szociális Chartában foglalt jogok betartásának vizsgálatával foglalkozik a Szociális Jogok Európai Bizottsága, mely évente ad ki jelentést arról, hogy az egyes országok mennyire tartják tiszteletben az egyezményben foglalt vállalásokat.
A Tanács ezen kívül egyezményt hozott létre a kínzás és embertelen bánásmód megelőzéséről, valamint nagy jelentőséget tulajdonít a kisebbségek védelmének, így kidolgozta a Nemzeti kisebbségek védelméről szóló keretegyezményt. Kiemelt terület a fentiek mellett az idegengyűlölet, az antiszemitizmus és az intolerancia elleni küzdelem, amelyet a Fajgyűlölet és Intolerancia Elleni Európai Bizottság fog össze. Az emberi jogok védelmének általános irányelvei alapján az Európa Tanács erőfeszítést tesz a nők szabadságát és méltóságát veszélyeztető cselekmények megszüntetésére, a nemek közötti diszkrimináció csökkentésére.
Az emberi jogok tudatosítása, illetve a megfelelő oktatás biztosítása szintén fontos célkitűzése az Európa Tanácsnak, így 1999-ben létrehozták az Emberi Jogi Biztos intézményét. A Biztos ajánlások és tanácsadás és elemzések elkészítésével segíti az egyes országokat a törvényalkotási hiányosságaik megszüntetésében, valamint támogatja a nemzeti emberi jogi intézményeket és együttműködik más nemzetközi szervezetekkel.
